В консоли WSUS можно запустить «Server Cleanup Wizard». Главный секрет в том, что запускать его надо с достаточной регулярностью.
Одобрил обновлений — очисти сервер. Если не заниматься этим регулярно, возникают ошибки в работе мастеря и очистка не проходит.
Для начала можно попробовать запускать каждый пункт по отдельности, сверху вниз:
